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BOD5的测定是一个生化耗氧的过程。水样中的微生物在与水中的有机物一起生长繁殖的同时，分解有机物，消耗水中的溶解氧。因此，水样中必须含有一定量的能够降解有机物的微生物。
工业废水一般含有不同量的有毒物质，会抑制微生物的活性，因此工业废水中自身微生物的数量很少或根本没有。如果使用测量富含微生物的城市废水的普通方法，可能无法检测到废水中真正的有机物含量，至少很低。例如，对于经过高温灭菌处理的水样，pH值过高或过低的水样，除了冷却、减少杀菌剂或调整pH值等预处理措施外，为保证BOD5测定的准确性，还必须采取有效接种。 测量工业废水的BOD5时，如果有毒物质含量过大，有时需要用化学药剂去除；如果废水呈酸性或碱性，必须先中和；水样通常经过稀释后，可用标准稀释法测定。在水样中的水中（如处理这种工业废水的曝气池混合物）中加入适量的含有驯化好氧微生物的接种物，就是使水样中含有一定量的具有降解有机物能力的微生物。在其他测定BOD5的条件下，利用这些微生物分解工业废水中的有机物，测定水样培养5天的耗氧量，即可得到工业废水的BOD5值。 污水处理厂曝气池混合液或二沉池出水是测定进入污水处理厂废水的BOD5时理想的微生物来源。用生活污水直接接种，由于其中溶解氧很少或没有，容易产生厌氧微生物，需要长期培养驯化。因此，这种经过驯化的接种液只适用于某些有特定需求的工业废水。
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