枯草芽孢杆菌可作为微生物调节剂，起到改善水质，抑制有害微生物，营造优良的水生生态环境。由于养殖水体中动物长期高密度养殖，大量的饵料残渣、动物残骸、粪便沉积物等污染物堆积，极易导致水质恶化，危害养殖动物的健康，甚至减产，造成损失。对水产养殖业的可持续发展危害巨大。而枯草芽孢杆菌可通过养分竞争或空间位点竞争定殖在水体中，形成优势菌群，抑制水体中有害病原菌（如弧菌、大肠杆菌）等有害微生物的生长繁殖，从而改变水体和底泥中的微生物数量和结构，可以有效预防水生动物因水质恶化引起的疾病。同时，枯草芽孢杆菌作为一种能分泌胞外酶的菌株，其分泌的多种酶类能有效分解水中的有机物，改善水质。例如，枯草芽孢杆菌产生的几丁质酶、蛋白酶、脂肪酶等活性物质，可以分解水中的有机物，降解动物饲料中的营养物质，不仅使动物能够充分吸收和利用饲料中的营养物质，还能大大改善水质；枯草芽孢杆菌还可以调节养殖水的pH值。