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总磷和总氮是判断水质标准的重要指标。总氮是指水中有机氮、氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮的总和。总氮含量的增加主要导致微生物、藻类等水生生物的大量繁殖，导致水体富营养化。总磷是指水样经过消解，将各种形式的磷转化为正磷酸盐后测定的结果，以每升水样中含磷的毫克数计。 总磷总氮测定仪采用钼蓝法。聚磷酸盐和含磷化合物在高温高压的酸性条件下水解生成正磷酸根，过硫酸钠进一步将其他稳定的含磷化合物氧化成正磷酸根。正磷酸根离子在含钼酸盐的强酸溶液中，生成的锑化合物被抗坏血酸还原为蓝色磷钼酸盐。 在使用总磷总氮测定仪的过程中，由于各种因素的影响，测量结果往往不尽如人意，这些因素包括： 1、如果水中悬浮物过多，可用滤膜过滤后检测。 2、如果样品中有余氯，加入适量的硫代硫酸钠溶液除去，用淀粉-碘化钾试纸检查余氯是否完全除去。若水样浑浊或有色，可进行蒸馏法或絮凝沉淀法处理，参照国家环保标准HJ535-2009。 3、COD的测定：氯离子是主要干扰成分。仪器所用试剂具有抗氯干扰能力。选择低量程测量COD也可以减少氯离子对测量结果的影响。 4、总磷的测定：如果水样中砷含量大于2mg/L，会有干扰，可用硫代硫酸钠去除。硫化物含量大于2mg/L有干扰，可在酸性条件下通入氮气去除。六价铬大于 50mg/L 有干扰，用亚硫酸钠去除。大于1mg/L的亚硝酸盐有干扰，用氧化消解和氨磺酸都可去除。铁浓度为 20 mg/L 会使结果降低 5%；铜浓度高达 10 mg/L 没有干扰；氟化物低于 70 mg/L不会产生干扰。 5、氨氮的测定：当水样中含有悬浮物、余氯、硫化物和有机物时，会产生干扰。当含有此类物质时，应进行适当的处理，以消除对测量的干扰。 6、总氮的测定：氯离子浓度高于1.5g/L时有干扰。其他常见的阴离子和阳离子没有干扰。氯离子可以用硫酸汞消除干扰。
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