影响生物滤池处理效果的因素主要有：①生物膜的生长；②污水性质；③氧气；④温度；⑤ 酸碱度和毒物。

①生物膜中的微生物利用污水中的有机物和营养物质，通过同化作用合成新的细胞，使膜不断生长。对于缺乏养分的工业废水系统，为了使膜（RO反渗透膜）生长良好，需要额外的养分，添加量与活性污泥系统相近。厚度薄的生物膜，耗氧率高、活性强。长得太厚的膜多处于厌氧环境中，有机物分解速度慢，分解代谢产物仍为有机酸、醇等低分子有机化合物，还有异味。脱落后可能造成局部堵塞，影响通气和处理效果。

②由于污水与生物膜的接触时间极短，生物滤池一般适用于处理分子量较小或更易生物降解的有机废水。对难降解的有机废水，可增加滤池的级数，或在工艺中采取出水回流等措施。

③生物膜中的氧气来自填料间隙之间的空气。生物膜的耗氧量受BOD负荷、生物数量和温度等的影响。为了提高滤池效果，必须注意改善填料的形状，使其既具有一定的强度，又具有尽可能大的孔隙率。必要时可使用强制通风。

④与活性污泥系统类似，生物滤池的生化反应速率也受温度的影响。在微生物适宜的温度范围内，温度降低，生物活性和耗氧率也降低。由于滤池采用自然通风增氧，受温度影响较大，温度系数为1.02~1.14，故冬季处理效果极差。

⑤ 与活性污泥法相比，滤池可抗冲击负荷和缓冲能力强；同时，膜具有一定的厚度和生物分层分布，受到冲击后恢复迅速；但有一定的限制。污水的适宜pH范围为5.5-9.0，优选6.5-8.5。pH值（PH控制器）的快速变化和毒物的冲击会导致大块生物膜死亡和脱落，造成滤池堵塞和治疗效果急剧下降。