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蓝绿藻即蓝菌门（Cyanobacteria），是一类能透过光合作用获取能量的细菌，蓝绿藻植物菌门下物种又称蓝细菌、蓝绿菌、蓝藻或蓝绿藻、蓝菌，当中包括蓝鼓藻、蓝球藻等生物。藻类水华占据天时地利人和，大量增殖，会使水质恶化，严重时水体呈现蓝色或者绿色，水中氧气不足导致鱼类死亡。藻类水华一旦发生，控制难度就会加大，治理成本显著提高，因此如果能够预见水华的发生并及时的采取相应的措施，会取得事半功倍的效果。 更为严重的是，蓝绿藻中有些种类（如微囊藻）还会产生毒素，大约50%的蓝绿藻爆发中含有大量毒素，这些毒素除直接对鱼类、人畜产生毒害之外，也是肝癌的重要诱因。 通常的，测量和监测蓝绿藻的方法有两种，即计数法和荧光法。计数法虽为国标方法，但是因为费时和难以作到实时的数据，难以跟踪水体变化，因此只适合于作实验室里的测量方法；而荧光法因为能监测水体的实时数据，因此使得蓝绿藻在线监测成为可能。 通过荧光法在线测量水体中的叶绿素和蓝绿藻，比传统的萃取法测叶绿素以及人工计数法测蓝绿藻有很突出的优点，可以节省大量的时间和人工。通过此方法可实时监测，无需萃取或其他处理，快速检测，可在潜在的水华造成影响前进行识别。蓝绿藻在线监测仪可以实现在线数据显示，可应用于自来水进口、饮用水源地、水产养殖、地表水、景观水海水等不同水体在线监测。
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